Pembentukan Unit PAMOR dilakukan oleh individu, lembaga, kelompok, komunitas atau jaringan lokal yang berminat mengembangkan sistem penjaminan mutu partisipatif bersama produsen. Pembentukan Unit PAMOR melibatkan multipihak seperti unsur produsen, konsumen, pendamping (LSM), pedagnang, akademisi, dan perwakilan pemerintah.  

Proses inisiasi dimulai dari pendokumentasian pengetahuan lokal, standar internal produsen dan Standar Nasional Indonesia (SNI) tentang pertanian organik.  Para inisiator merupakan Forum Pendiri Unit PAMOR. Forum Unit PAMOR bisa membentuk kelembagaan dan badan hukum tersendiri sesuai dengan kesepakatan diantara Forum Pendiri. 

Forum Pendiri menyampaikan aplikasi Unit PAMOR ke Sekretariat PAMOR. Tahap ini dilakukan setelah Forum Pendiri bersepakat dan merasa mampu memenuhi persyaratan pembentukan Unit PAMOR. Forum Pendiri harus mengisi formulir aplikasi dan dikirimkan kepada Sekretariat PAMOR Indonesia. Aplikasi berisi rincian terkait pemenuhan persyaratan pembentukan Unit Pamor dan syarat lain yang ditetapkan.

Dalam proses verifikasi, mula-mula Sekretariat PAMOR melakukan pemeriksaan dokumen pendaftaran. Jika ada dokumen atau syarat yang belum lengkap, maka akan diberi kesempatan untuk melengkapinya. Sebaliknya, jika dokumen sudah lengkap, maka akan dikirimkan pemberitahuan mengenai pemenuhan kelengkapan administratif dan rencana verifikasi faktual atau ke lokasi calon Unit PAMOR.

Verifikasi selanjutnya adalah proses pemeriksaan sistem mutu dan operasional Unit PAMOR. Dalam proses ini, Sekretariat PAMOR akan mengirim tim audit untuk memastikan bahwa sistem mutu Unit PAMOR sudah tersedia dan berjalan, ada kecukupan personil yang cakap menjalankan sistem penjaminan PAMOR. Dalam proses ini juga akan dilakukan audit kesaksian dan observasi lapangan terkait sistem mutu organik yang berlaku. Tim auditor kemudian akan mengirimkan laporan verifikasi faktual ini ke Sekretariat PAMOR Indonesia untuk dievaluasi. Ada proses wawancara langsung dengan forum pendiri dan struktur Unit PAMOR.

Pengesahan Unit PAMOR akan diberikan selambat-lambatnya 7 (tujuh) hari kerja jika kelengkapan persyaratan dipenuhi. Surat pengesahan berlaku selama 5 (lima) tahun.

Pelatihan Penjaminan PAMOR dilakukan kepada Unit PAMOR untuk mempersiapkan diri mereka dalam menjalankan dan menerapkan fungsi unit, seperti: pendaftaran, inspeksi, review, dan proses pendampingan. Pelatihan juga mempersiapkan Unit PAMOR membuat dokumen yang belum lengkap serta memperkaya pengetahuan dan kemampuan Unit PAMOR baik dari kemampuan teknis maupun filosofi. Pelatihan ini bisa dilakukan oleh ahli dalam jaringan Unit PAMOR atau meminta bantuan kepada Sekretariat PAMOR Indonesia.

Verifikasi dan Pendampingan berkala Unit PAMOR. Sekretariat PAMOR Indonesia akan melakukan verifikasi dan pendampingan berkala kepada Unit PAMOR. Verifikasi dan pendampingan ini untuk memastikan bahwa sistem dan prosedur Unit PAMOR Indonesia masih dijalankan dengan baik. Verifikasi ini bisa dilakukan oleh orang atau tim yang ditunjuk oleh Sekretariat PAMOR Indonesia. Adapun verifikasi berkala ini dilakukan setiap 2 (dua) tahun sekali. Apabila Unit PAMOR tidak bisa melakukan perbaikan atas temuan-temuan dari verifikasi sesuai tenggat waktu yang diberikan, maka Sekretariat PAMOR berhak mencabut pengesahan atas Unit PAMOR.